明代,改杭州路為杭州府,為浙江行中書省和浙江布政使司的治所。清代,仍稱杭州府,為浙江行省省會。1860年代,杭州成為太平天國與清軍反覆爭奪的戰略要地,城市也受到了極大破壞,收藏四庫全書的「文瀾閣」也曾毀於戰火。
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